Bagian Tata Usaha merupakan unit kerja yang bertugas menyelenggarakan urusan administrasi, keuangan, kepegawaian, ketatalaksanaan, dan rumah tangga Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pulau Morotai.

Sebagai tulang punggung administrasi kantor, Bagian Tata Usaha memastikan seluruh proses administrasi berjalan dengan lancar sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.