Struktur organisasi Kementerian Agama Kabupaten Pulau Morotai mengacu pada Peraturan Menteri Agama Nomor 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama. Struktur ini terdiri dari:

• Kepala Kantor: Memimpin dan bertanggung jawab atas seluruh pelaksanaan tugas dan fungsi Kemenag Morotai
• Sekretariat: Membantu kepala kantor dalam koordinasi, pembinaan, dan pengelolaan administrasi
• Bidang Pendidikan Agama Islam: Menangani pembinaan pendidikan agama dan keagamaan Islam
• Bidang Penyelenggara Haji dan Umrah: Mengurusi penyelenggaraan ibadah haji dan umrah
• Bidang Bimbingan Masyarakat Islam: Membina kehidupan beragama masyarakat Islam
• Bidang Bimbingan Masyarakat Kristen, Katolik, Hindu, Buddha, dan Khonghucu: Membina kehidupan beragama masyarakat non-Islam