Dalam menjalankan tugasnya, Kementerian Agama menyelenggarakan fungsi:

• Perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang bimbingan masyarakat Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Buddha, dan Khonghucu, penyelenggaraan haji dan umrah, dan pendidikan agama dan keagamaan;
• Koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Agama;
• Pengelolaan barang milik/kekayaan Negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Agama;
• Pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan Kementerian Agama;
• Pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian Agama di daerah;
• Pelaksanaan kegiatan teknis dari pusat sampai ke daerah;
• Pelaksanaan pendidikan, pelatihan, penelitian, dan pengembangan di bidang agama dan keagamaan;
• Pelaksanaan penyelenggaraan jaminan produk halal; dan
• Pelaksanaan dukungan substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Agama.